La Fondazione Carlo Besta vanta una storica collaborazione con numerose Associazioni e Fondazioni che si caratterizzano per le loro differenti finalità:

• assistenza e sostegno in ospedale ai pazienti e ai loro familiari
• promozione della ricerca scientifica in campo neurologico e neurochirurgico
• raccolta di contributi finalizzati alla ricerca
• sostegno alle azioni divulgative e di educazione sanitaria

Al fine di consolidare e ottimizzare il prezioso supporto che viene garantito dall’associazionismo e dalla presenza dei Volontari, la Fondazione Carlo Besta ha istituito un apposito Registro delle Organizzazioni Non Profit al quale hanno aderito le seguenti Organizzazioni:

• A Casa Lontani da Casa
• ABIO – Associazione per il Bambino in Ospedale
• AICE - Fondazione Italiana per la Ricerca sull'Epilessia
• AICRA – Associazione Italiana Craniostenosi
• AIM – Associazione Italiana Miastenia e Malattie Immunodegenerative – Amici del Besta Onlus
• AIMA CHILD Onlus – Associazione Italiana Malformazione di Chiari Child
• AIMaC - Associazione italiana malati di cancro
• AIRC – Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro (Comitato Lombardia)
• AISA Onlus – Associazione Italiana per la lotta alle Sindromi Atassiche (Sezione Lombardia)
• AISM – Associazione Italiana Sclerosi Multipla (Sezione provinciale di Milano)
• AISMAC Onlus - Associazione Italiana Siringomielia e Arnold Chiari
• AISNAF- Associazione Italiana Sindromi Neurodegenerative da Accumulo di Ferro
• AITC Onlus – Associazione Italiana per i Tumori cerebrali
• ANF Onlus - Associazione Italiana Neurofibromatosi
• AVO Milano – Associazione Volontari Ospedalieri
• Associazione Amiche per la Vita Onlus (in collaborazione con ACMT-Rete)
• Associazione Bianca Garavaglia Onlus
• Associazione Cancro Primo Aiuto Onlus
• Associazione GLIO.MA - Marco Calicchia
• Associazione il dono di Rossana O.D.V.
• Associazione il  mondo di Mattia
• Associazione Paolo Zorzi per le neuroscienze
• Associazione Pinella Caspanello Brancatelli Onlus
• CasAmica Onlus
• CBDIN Onlus – Associazione Carlo Besta Dipartimento Infantile Neurologico
• Elo – Epilessia Lombardia Onlus
• Famiglie SMA Onlus
• Fondazione Contessa Lene Thun Onlus
• Fondazione Heal
• Fondazione Italiana Cefalee Onlus - F.I.CEF.
• Fondazione Nadia Toffa
• Fondazione Pierfranco e Luisa Mariani
• Fondazione Theodora Onlus
• Gli Amici di Luca Onlus
• Huntington Onlus
• "INSIEME, Amici del Centro Sclerosi Multipla dell'Istituto Besta"
• La Rete di Emma Onlus
• LILT - Lega Italiana per la Lotta contro i Tumori - Ass. Prov. Milano Monza Brianza
• MioMito Onlus
• Mitocon - Insieme per lo studio e la cura delle Malattie mitocondriali Onlus
• Officine Buone
• Parent Project Onlus
• Più Unici che Rari Onlus - Associazione Italiana Sindrome di Alexander
• Telefono Donna Onlus