La Fondazione ha costruito e consolidato collaborazioni scientifiche nell’ambito delle scienze neurologiche e neurochirurgiche con molti enti ed istituzioni nazionali e internazionali.
A livello nazionale, un particolare impegno è stato volto allo sviluppo e realizzazione delle attività delle Reti IRCCS “Alleanza Contro il Cancro”, Rete Pediatrica IDEA e, soprattutto, la Rete delle Neuroscienze e Neuroriabilitazione (RIN). 
La RIN, costituitasi in associazione nel febbraio 2017, è coordinata dal Direttore Scientifico dell’Istituto Neurologico Besta e, nel biennio di riferimento, è diventata il più grande network italiano nell’area delle Scienze Neurologiche al quale aderiscono 29 Istituti di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico.

La RIN promuove la ricerca scientifica e lo sviluppo tecnologico per migliorare prevenzione, diagnosi, cura e riabilitazione delle malattie neurologiche dell’adulto e del bambino e trasferire i risultati delle ricerche ai diversi attori del SSN e nella filiera industriale. A tal fine sono state costituite piattaforme tecnologiche (Neuroimaging Avanzato, Genomica, Proteomica, Neuroimmunologia e Teleneuroriabilitazione), e sono stati creati Istituti Virtuali Nazionali per le diverse patologie (già attivi quello sulle Demenze, sulla malattia di Parkinson e Disordini del Movimento, e sulla Sclerosi Multipla e Disordini Neuroimmunologici) secondo il modello organizzativo illustrato dalla figura seguente: