La Fondazione ha sviluppato e consolidato accordi di collaborazione con alcune delle più importanti università e centri di ricerca e cura nazionali ed internazionali. A livello europeo partecipa a programmi di scambio (ERASMUS, Marie Curie Action, Aeneid) indirizzati alla formazione di giovani medici, biologi, biotecnologi, farmacologi...
A questo riguardo, merita particolare menzione il Besta NeuroSim Center, primo centro di simulazione neurochirurgica in Europa ed uno dei più avanzati dal punto di vista tecnologico a livello mondiale.
Sotto il profilo più strettamente accademico l’Istituto da molti anni collabora con numerose Istituzioni universitarie nazionali ed internazionali.

Università degli Studi di Milano - Facoltà di Medicina e Chirurgia 

• Prof. Giuseppe Lauria Pinter – Direttore Scientifico e Direttore UOC Neurologia 3 - Neuroalgologia: Professore Ordinario di Neurologia con funzioni assistenziali 
• Prof. Francesco DiMeco – Direttore Dipartimento Neurochirurgia e Direttore UOC Neurochirurgia I - Neurochirurgia Oncologica: Direttore della Scuola di Specialità in Neurochirurgia - Professore Ordinario di Neurochirurgia con funzioni assistenziali 
• Prof. Daniele Ghezzi – UOC Servizio di Medicina di Laboratorio - Genetica Medica e Neurogenetica: Professore Associato di Genetica Medica
• Dr. Dario Brunetti – UOC Servizio di Medicina di Laboratorio - Genetica Medica e Neurogenetica: Ricercatore Biotecnologo