Il Direttore Generale è nominato dal Consiglio di Amministrazione, su indicazione del Presidente della Regione Lombardia ed è scelto fra persone estranee al Consiglio stesso; partecipa di diritto alle sedute del Consiglio di Amministrazione.
Al Direttore Generale compete la gestione della Fondazione; egli, in particolare, è responsabile del raggiungimento degli obiettivi fissati dal Consiglio di Amministrazione, assume le determinazioni in ordine alla realizzazione dei programmi e progetti adottati, è responsabile della gestione finanziaria, tecnica ed amministrativa della Fondazione, incluse la organizzazione e gestione del personale e dispone il conferimento degli incarichi di responsabilità dirigenziale, in coerenza con l’organizzazione interna e la dotazione organica deliberati dal Consiglio di Amministrazione.
Il Direttore Generale si avvale della collaborazione di un Direttore Amministrativo e di un Direttore Sanitario, da lui nominati, che vanno a comporre, unitamente al Direttore Generale stesso, la Direzione Strategica.
Il Direttore Generale si avvale del Collegio di Direzione, da lui stesso diretto, ai sensi cui all’art. 17 del D.lgs. 502/1992 e ss.mm.ii.. e da strutture e funzioni collocate in staff.